黄腐酸在农业领域对土壤、肥料以及植物体的作用表现为：
改良土壤团粒结构。黄腐酸属于腐殖质类物质，能影响土壤的性质，促使土壤形成更稳定的团粒结构，使土壤中≥0.25mm的团粒含量增加10-20%，有机质含量增加10%，可使土壤保持水份、增加通气，有利于农作物的生长。
增强土壤的保肥性。黄腐酸本身是有机酸，既增加了土壤中矿质部分的溶解，提供土壤养分，又通过络合作用增加养分的有效性。黄腐酸作为有机胶体，带有正负两种电荷，可吸附阴阳离子，使得这些养分能保存在土壤中，不致于随水流失，提高肥料的利用率，在沙土地上意义尤为重大。
调节土壤溶液PH。黄腐酸和黄腐酸盐互相转化，形成一个缓冲系统，从而起到调节土壤溶液PH的作用。
黄腐酸含有羧基、酚羟基等官能团，有较强的络合、螯合和表面吸附能力，能减少铵态氮的损失；增加磷在土壤中移动距离，抑制土壤对水溶性磷的固定，使无效磷转化为有效磷，促进根系对磷的吸收；黄腐酸可以吸收存储钾离子，提高有效钾的含量特别是对钾肥的增效尤为明显。实验表明：黄腐酸能提高肥料中氮、磷、钾养分的利用率20%以上。
黄腐酸有表面活性剂的功能，能降低水的表面张力，对农药起乳化分散作用；黄腐酸作为一种粘性与表面积很大的胶体性物质对农药可能产生较强的物理吸咐作用；黄腐酸自身有抑菌抗病作用，与杀菌剂的复配相当于两种农药的复配。
黄腐酸类似植物体内源激素，能够促进种子萌发、根生长、果实着色早熟。具体表现在：促进根的生长和活性，类似生长素效果；促进种子萌发、出苗整齐和幼苗生长，类似赤霉素的效果；使叶片增大、增厚、保绿，下部叶片衰老推迟，类似细胞分裂素的作用；使气孔缩小、蒸腾作用降低，类似脱落酸的作用；使果实提前着色、成熟，类似乙烯催熟作用；促进细胞分裂和细胞伸长、分化等方面的作用，类似两种以上植物激素的作用。
黄腐酸加强酶对糖分、淀粉、蛋白质、脂肪及各种维生素的合成运转。可刺激多糖酶的活性，使多糖转化为可溶性单糖，从而提高果实甜度；提高烟叶中总糖与烟碱及钾与氯的比值，改善烟叶品质；提高西瓜、哈密瓜等瓜果中总含糖量及维生素C含量。
植物的抗逆指标（之一）：植物体内ABA(脱落酸：一种抑制生长的植物激素)的含量。植物在任何逆境条件下，ABA含量都会增加。脱落酸是启动植物体内抗逆基因表达的“第一信使”，有效激活植物体内抗逆免疫系统。黄腐酸提高植物抗逆性的生理机制（共性）：黄腐酸可提高植物体内ABA的含量。
