腐植酸的原料来源可以分成两大类：煤类物质和非煤类物质。前者主要包括泥炭、褐煤和风化煤；后者包括土壤、水体、菌类和其他非煤物质，如含酚、醌、糖类等物质，它们经过生物发酵、氧化或合成可以生成腐植酸类物质。煤类物质和土壤、水体、菌类等物质制得的腐植酸是天然腐植酸，其中煤类物质是天然腐植酸的主要原料。
在嫌气环境下，死亡的植物残体未得到完全分解便堆积形成泥炭。泥炭经过煤化后形成褐煤和烟煤物质。造煤植物在地下经历了煤化过程的还原性元素，又在地表大气和水的影响下发生缓慢的氧化水解反应，这时形成的就是风化煤。从泥炭、褐煤到风化煤这一过程中，腐植酸的含量和结构也发生变化，它们一方面反映出原始植物或煤的性质，另一方面又反映出还原和氧化的程度。
